Knapt er Transavia kommet igang med de mange nye ruter fra København før de første meldinger om nedskæring af ruter er kommet. I første omgang bortfalder ruten mellem København og Alicante fra 18. april 2009. Ruten var ellers oprindeligt tænkt med 6 ugentlige afgange – de blev senere skåret ned til 3 og nu bliver ruten altså lukket helt.
Årsagen til lukningen er uden tvivl stor konkurrence mellem flyselskaberne om netop denne rute. Tidligere fløj Sterling fra København til Alicante, men efter Sterlings konkurs er båder SAS, Norwegian og Cimber Sterling nu også aktører på denne rute.
Transavia har i samme omgang valgt at skære ned på antallet af afgange til Palma de Mallorca , Chania (Kreta) og Barcelona .
Den ekstra flykapacitet har Transavia i første omgang valgt at benytte på nye ruter til Montpellier , Napoli og Pisa samt nu også Athen og Alghero (Sardinien).